Foi em sua cidade natal, Los Palacios y Villafranca, na província da Andaluzia, que o jovem Fabián conheceu o futebol. Apaixonado pelo esporte, ele ingressou na base do Real Betis aos 8 anos, onde desenvolveu suas habilidades como meio-campista em todas as categorias de base.
Em 2014, ao completar 18 anos, passou a integrar o time B do Betis, com o qual conquistou o título da Segunda Divisão Espanhola. Estreou no time principal no verão seguinte, e logo depois foi emprestado ao Elche CF no inverno. Seu desempenho chamou atenção dos olheiros do Napoli, que o contrataram para atuar na Serie A como um criador de jogo de 1,89 m.
Sob o comando de Ancelotti e depois de Gattuso, Fabián Ruiz se tornou um titular absoluto, o que lhe rendeu convocação para a seleção espanhola (15 jogos). Ele foi titular na final em que a Espanha conquistou a UEFA Nations League 2023.