Después de comenzar a jugar al fútbol en su ciudad natal de Tavira en 2012, João Neves se incorporó a la cantera del SL Benfica en 2016. Tras pasar por todas las categorías del club lisboeta, firmó su primer contrato profesional en diciembre de 2020 y ganó la UEFA Youth League en 2022.
Pocos meses después, el 30 de diciembre de 2022, el prometedor centrocampista debutó con el primer equipo de su club formador en un partido de liga ante el Braga. Integrado en la rotación del equipo por el técnico Roger Schmidt, formó parte del grupo que conquistó el título de campeón de Portugal en 2023 y también disputó la Champions League en febrero de ese mismo año, con solo 18 años.
Diestro y con una gran calidad técnica, Neves terminó la temporada 2022-2023 como titular indiscutible. Trabajador incansable, completo y polivalente, marcó su primer gol como profesional frente al Sporting CP, el 21 de mayo de 2023.
Comenzó la temporada siguiente con una victoria ante el FC Porto en la Supercopa de Portugal y se consolidó como una pieza clave en los Águilas. Su fulgurante progresión también se trasladó al plano internacional: debutó con la selección absoluta de Portugal en octubre de 2023 frente a Bosnia. A día de hoy, suma 9 apariciones con la Seleção, incluidas 2 durante la Eurocopa 2024, en la que Portugal llegó hasta los cuartos de final.
