Después de comenzar a jugar al fútbol en su ciudad natal, Tavira, en 2012, João Neves ingresó en la cantera del SL Benfica en 2016. Pasó por todas las categorías de formación del club lisboeta y conquistó la Youth League en 2022, unos meses antes de debutar como profesional.
En su primera temporada como profesional, participó en la conquista del campeonato portugués y debutó en la Champions League con tan solo 18 años. En apenas unos meses se convirtió en titular indiscutible del conjunto lisboeta. Ese estatus le llevó a la selección nacional, con su primera convocatoria con la Seleção en octubre de 2023.
Tras la Euro 2024, disputada bajo las órdenes de Roberto Martínez, fichó por el Paris Saint-Germain por cinco temporadas. Desde su llegada, el centrocampista se convirtió en una pieza clave del once de Luis Enrique y contribuyó enormemente al primer título de Champions League del club de la capital. Un título histórico al que siguió otro, legendario, un año después ante el Arsenal en Budapest. En aquel partido, João Neves se mostró indispensable en todas las zonas del campo para llevar la segunda estrella a la Ciudad de la Luz. A sus éxitos de club se sumó también su primer título internacional, con la Nations League 2025.
