Aos quatro anos, Warren Zaïre-Emery começou a jogar futebol em Aubervilliers. Natural de Montreuil, foi rapidamente descoberto pelo Paris Saint-Germain e impressionou pela sua precocidade. Warren foi constantemente promovido aos escalões mais velhos durante a formação.
Aos 15 anos, o médio box-to-box era titular indiscutível nos Sub-19 e chegou mesmo a ajudar a equipa a qualificar-se para os oitavos de final da Youth League, sendo decisivo por duas vezes frente ao Bruges (3-2). Estas prestações levaram-no diretamente ao grupo profissional, antes mesmo de completar 16 anos.
Em 2022, Warren Zaïre-Emery conquistou o Campeonato da Europa de Sub-17 com a França, sendo eleito o melhor jogador da competição. Algumas semanas depois, tornou-se o jogador mais jovem da história do clube a disputar um jogo oficial, entrando frente ao Clermont com 16 anos, 4 meses e 29 dias. Warren Zaïre-Emery continuou a bater recordes de precocidade na Ligue 1 e na Champions League, onde se tornou o jogador mais jovem da história do Paris Saint-Germain a ser titular num jogo a eliminar, frente ao Bayern Munique.
Desde então, o internacional francês afirmou-se como uma peça essencial do plantel de Luis Enrique, contribuindo nomeadamente para as duas conquistas da Champions League e para os vários títulos nacionais conquistados desde a sua estreia como profissional no verão de 2022.