Após iniciar sua trajetória no futebol em Tavira, sua cidade natal, em 2012, João Neves ingressou nas categorias de base do SL Benfica em 2016. Passou por todas as etapas de formação do clube lisboeta, assinou seu primeiro contrato profissional em dezembro de 2020 e conquistou a UEFA Youth League em 2022.
Poucos meses depois, no dia 30 de dezembro de 2022, o promissor meio-campista fez sua estreia pelo time principal do clube formador em uma partida do campeonato contra o Braga. Integrado à rotação do elenco pelo técnico Roger Schmidt, participou da campanha que levou o Benfica ao título de campeão português em 2023 e ainda disputou a Liga dos Campeões com apenas 18 anos, em fevereiro do mesmo ano.
Destro e com grande habilidade com a bola nos pés, Neves terminou a temporada 2022–2023 como titular absoluto. Muito dedicado, versátil e completo, marcou seu primeiro gol como profissional no clássico contra o Sporting CP, no dia 21 de maio de 2023.
Iniciou a temporada seguinte com uma vitória sobre o FC Porto na Supertaça de Portugal e se consolidou como peça-chave dos Encarnados. Sua ascensão meteórica também se refletiu no cenário internacional: estreou pela Seleção principal de Portugal em outubro de 2023 contra a Bósnia. Atualmente, acumula 9 partidas pela Seleção, incluindo 2 jogos na Euro 2024, torneio no qual Portugal chegou às quartas de final.
