Depois de começar a jogar futebol na sua cidade natal, Tavira, em 2012, João Neves ingressou no SL Benfica em 2016. Passou por todos os escalões da formação do clube lisboeta, conquistando a Youth League em 2022, poucos meses antes de se estrear como profissional.
Logo na sua primeira temporada como profissional, participou na conquista do campeonato português e descobriu a Champions League com apenas 18 anos. Em poucos meses, afirmou-se como titular indiscutível da equipa lisboeta. Esse estatuto levou-o à seleção nacional, com a primeira convocatória para a Seleção em outubro de 2023.
Após o Euro 2024, disputado sob o comando de Roberto Martínez, juntou-se ao Paris Saint-Germain por cinco temporadas. Desde a chegada, o médio revelou-se uma peça-chave do onze inicial de Luis Enrique e contribuiu decisivamente para a primeira conquista da Champions League pelo clube da capital. Um título histórico, seguido um ano mais tarde por outro, lendário, frente ao Arsenal em Budapeste. Nesse jogo, João Neves mostrou-se indispensável em todas as zonas do terreno para ajudar a trazer a segunda estrela para a Cidade Luz. Aos sucessos pelo clube juntou-se também o primeiro título internacional, com a Liga das Nações de 2025.
