Natif de Bissau, Danilo fait ses classes à Estoril puis Benfica, au Portugal, avant de rejoindre Parme au moment de signer pro. Trois ans, entrecoupés de prêts à Aris (Grèce) et au Roda JC (Pays-bas) avant de poser ses valises au Club Sport Maritimo à Funchal, et de s'imposer au plus haut niveau.
54 rencontres plus tard (4 buts), il tape dans l'oeil du FC Porto, qu'il rejoint en juillet 2015. Il étoffe son palmarès au fil de ses années à Porto - dont il devient le capitaine - avec deux titres de champion du Portugal, une coupe nationale et une Supercoupe, en plus donc de l'Euro 2016 et de la dernière Ligue des Nations, toujours avec la Seleção.
