Natif de Bissau, Danilo a fait ses classes à Estoril puis Benfica, au Portugal, avant de rejoindre Parme au moment de signer pro. Trois ans, entrecoupés de prêts à Aris (Grèce) et au Roda JC (Pays-bas) avant de poser ses valises au Club Sport Maritimo à Funchal, et de s'imposer au plus haut niveau.
C’est ensuite du côté du FC Porto, qu'il rejoint en juillet 2015, que ce milieu de terrain, capable de jouer en défense centrale, a continué à étoffer son palmarès, avec deux titres de champion du Portugal, une coupe nationale et une Supercoupe, dans la peau d’un capitaine indiscutable.
Avec la sélection portugaise, l’international a poursuivi son ascension en remportant l'Euro 2016 et la dernière Ligue des Nations, toujours avec la Seleção.
Arrivé à Paris le tout dernier jour du mercato estival 2020 sous forme de prêt, Danilo a convaincu par son abnégation, son humilité, et son professionnalisme de tous les instants. Il a logiquement été transféré définitivement à Paris en mai 2021, et a participé activement à la campagne du 10e titre de champion de France de l’histoire du club, un an plus tard. Rebelote en 2022-23, avec une active participation dans l’obtention du 11e titre historique.
