Né à Brescia en Lombardie en 2004, Cher Ndour a fait ses premiers pas dans le football à San Giacomo, avant d'intégrer le centre de formation de Brescia à l'âge de 5 ans, puis celui de l'Atalanta à 9 ans. Très tôt annoncé comme un des jeunes italiens les plus prometteurs de sa génération, il est suivi par de nombreux clubs à l'aube de ses 16 ans.
Il a finalement rejoint le Benfica Lisbonne en 2020, où il a signé son premier contrat professionnel. Il a fait ses débuts en professionnel avec la réserve du Benfica le 2 mai 2021. Agé alors de 16 ans et 279 jours, il est devenu le plus jeune joueur de l'histoire du Benfica B, dépassant le record de João Félix. La saison suivante, le jeune milieu s'est imposé comme un titulaire avec l'équipe de deuxième division, tout en s'illustrant avec les moins de 19 ans, notamment lors de la Youth League, remportée par le Benfica : déjà buteur en poule contre le Bayern et Barcelone, l'italien s'est également illustré en finale, buteur lors de la victoire contre le RB Salzburg. En 2022, l'Italien a également affronté les Titis parisiens lors de la phase de groupes.
Après des performances prometteuses avec les jeunes, l’italien a fait ses débuts en équipe première du Benfica, le 18 mars 2023 en entrant en jeu lors du match de championnat du Portugal contre le Vitoria Guimarães. Il a ainsi pris part au titre des siens, sacrés champions sur la dernière journée, après une lutte acharnée avec Porto. A 18 ans, il a pris un nouveau virage dans sa carrière en signant au Paris Saint-Germain lors du mercato estival 2023.
